Interpunkce se obecně označuje jako AuxG. Tato funkce je (jako jedna z mála) přiřazena veškeré interpunkci (s výjimkou čárky a interpunkce stojící na konci věty) již při přípravě dat pro ruční anotování. Je však třeba vždy zkontrolovat, zda interpunkce nemá jinou funkci. Je-li koncovým symbolem věty, může obdržet afun AuxK (3.3.8.2), čárky zase většinou dostávají afun AuxX (3.3.8.3), i když se k nim často chováme stejně, jako k běžné interpunkci popsané dále.

Kromě funkcí AuxG, AuxK, AuxX (příp. ExD) může (obecná) interpunkce dostat ještě afun Apos a Coord.

Prvním případem je uvozovací interpunkce druhé části aposice, a to tehdy, když nelze pro aposiční uzel použít obvyklého výrazu (tj., např. apod.). Závorka, dvojtečka nebo jiná uvozující interpunkce se zde stane aposičním uzlem (Apos); v případě, že jde o tzv. závorkovací interpunkci, visí pak její druhá část na tomto uzlu s funkcí AuxG. K zachycení aposice blíže v kapitole 3.5.2.

Případem druhým je interpunkce koordinační. Jednak může koordinovat dvě věty, jednak části celků, které se běžně oddělují dvojtečkou, jako jsou sportovní výsledky či zápisy času tvaru hh:mm. Případně pohlédni do kapitoly 3.5.1.

Interpunkce tzv. 'závorkovací' (závorky a uvozovky všeho druhu, příp. i čárky, mají-li pouze 'závorkovací' funkci) se věší na řídící uzel uvozené části věty:

Pokud řídící člen uzávorkované části, na kterém má interpunkce viset, chybí, použije se mechanismus ExD pro větné členy z uzávorkované části i pro interpunkci. Interpunkce se tedy pověsí na nejbližší vyšší uzel a její funkce bude ExD.

Je-li však řídící slovo uzávorkované části přítomno, zůstává interpunkční funkce nezměněna, a to i tehdy, má-li řídící slovo samo funkci ExD (jde o případ, kdy je sice elidován nějaký gramaticky nadřazený člen, avšak interpunkce by na tomto členu stejně nevisela).

Je-li vedlejší věta (nejčastěji přímá řeč) přerušena uvozující hlavní větou, pověsí se (často neprojektivně) všechny uvozovky na řídící člen přímé řeči, kterou uvozují.

Stává se, že závorkovací interpunkce odděluje více členů a nejde přitom o elipsu. 'Závorky' se potom zavěsí na řídící uzly krajních členů vydělené části věty:

Závorkovací interpunkce se vyskytuje mimo jiné u přímé řeči. Té je věnována samostatná kapitola 3.7.1.

Přímá řeč nebo některé koordinační výčty bývají odděleny od části, která je uvozuje. Nejčastěji se pro tento účel používá dvojtečka. Této interpunkci budeme zde říkat uvozovací. Uvozovací interpunkci zavěšujeme na řídící uzel uvozované části (přímé řeči, výčtu). I tady může být uplatněno pravidlo ExD. V případě, že tento hlavní uzel chybí, zavěsíme uvozovací interpunkci na nejbližší vyšší uzel a přidělíme ji afun ExD.

Zkratka bývá většinou ukončena tečkou. Tuto tečku zavěšujeme přímo na uzel obsahující zkratku.

Také tečka za řadovou číslovkou se zavěšuje přímo na tuto číslovku.

Nadbytečné znaky, které se ve větě vyskytují, zavěšujeme na nejbližší vhodný uzel. Nepřipadá-li nám vhodný žádný význačný uzel, zavěsíme je co nejvýše, ale tak, aby nebyla porušena projektivita stromu. Nadbytečnými bývají často znaky na místě vynechaných slov (tři tečky). Pro ty je vhodným uzlem ten, kde by visela vynechaná slova. Tři tečky však také často bývají součástí koordinace nebo dokonce jejím řídícím uzlem.

Pomlčka před li se zavěsí přímo na tuto spojku, které je věnována část 3.3.7.1.3 v kap. 3.3.7.1.

Interpunkci (nejčastěji pomlčky) ve složených jménech (i cizích) se zavěšují na rozvíjející uzly uzlu hlavního, a to z vnitřní strany. Jak se přesně zachycují tato jména je popsáno v kapitole 3.7.12 a případně 3.7.10.