Interpunkcí se rozumí všechny grafické symboly, které nejsou součástí slov ani čísel psaných číslicemi. Především jde o čárku, která se zpracovává zvláštními pravidly a má obecně i jinou funkci (nejběžněji dostává afun AuxX - viz kap. 3.3.8.3), dále pak o tečku, otazník, vykřičník, středník, dvojtečku, závorky a uvozovky všech druhů, hvězdičky, lomítka apod. Funkce se těmto dalším interpunkčním symbolům přiděluje podle jejich postavení ve větě: buď jde o interpunkci stojící na konci věty a oddělující danou větu od další věty (viz kap. 3.3.8.2), nebo jde o interpunkci uvnitř věty (ta nejběžněji dostává afun AuxG - viz kap. 3.3.8.4). Zvláštní případ tvoří přidaný symbol #, který tvoří kořen stromu (viz kap. 3.3.8.1). Pro veškerou interpunkci (kromě kořene AuxS, u kterého se to stát nemůže) platí pravidla o ExD. Visí-li tedy interpunkce v důsledku elipsy ve stromě jinde, než by normálně měla, nahrazují se afuny AuxK, AuxX, AuxG (stejně jako afuny běžných větných členů) afunem ExD.
Ke každému segmentu, který je předmětem naší analýsy, je automaticky navíc přidán symbol #. Tento symbol vždy tvoří vrchol svého stromu a je již předem automaticky označen afun AuxS. Za běžných okolností na něm visí predikát hlavní věty (s afun Pred) a koncová interpunkce (viz kap. 3.3.1 a 3.3.8.2). V případě neúplných vět neobsahujících predikát visí na symbolu # jeden či více uzlů s afun ExD, které mohou být případně zavěšeny přes pomocné AuxP nebo AuxC (viz kap. 3.4.1). Ve specifických případech může být mezi symbolem # a predikátem (Pred) podřadicí spojka s afun AuxC (viz část 3.4.1.4.5 v kap. 3.4.1). Všechny zmíněné členy mohou navíc být koordinované (na kořeni bude viset uzel s afun Coord, viz 3.5.1), nebo může jít o parentesi (člen dostane příponu -Pa, viz 3.6).
