V anotaci PDT 2.0 se vyskytují odkazy tří druhů: odkazy v rámci jedné roviny (např. mezi uzly tektogramatického stromu), odkazy na objekty (uzly či prvky) nižších rovin a odkazy do dalších zdrojů (valenčního slovníku). Všechny tyto odkazy jsou realizovány následujícím jednotným způsobem.

Odkazovaný objekt je opatřen atributem typu identifikátor, jehož hodnota tento objekt v rámci PDT 2.0 jednoznačně určuje. Samotný odkaz je pak realizován jako atribut (atomického typu odkaz) odkazujícího objektu, jehož hodnotou je řetězec obsahující identifikátor odkazovaného objektu. Navíc v případě, že se odkazovaný objekt nenachází ve stejném souboru jako odkazující objekt, je před identifikátorem v řetězci uveden prefix tvaru symbolic#, kde symbolic je nějaké symbolické jméno svázané se jménem souboru obsahujícího odkazovaný objekt. Mapování mezi symbolickými jmény souborů a jejich systémovými jmény je uvedeno v záhlaví odkazujícího souboru. Toto mapování je jednoznačné a specifické pro soubor, v němž je uvedeno.

Atributy typu odkaz či seznam odkazů mají v PDT 2.0 na konci jména příponu .rf. Atributy nesoucí identifikátor objektu jsou zpravidla pojmenovány id (výjimku však tvoří např. valenční slovník vallex.xml, kde se z historických důvodů pro identifikátory užívají atributy word_ID a frame_ID).